Bland annat vill landskapsregeringen ha svar på hur färjan ska ta i land i samtliga färjfästen, hur Mergus ska kunna lastas och lossas vid lågvatten och hur man får till anpassningar för funktionshinder.
Ansvarig redare ska återkomma i frågorna denna vecka.
Infrastrukturminister Christian Wikström säger att det måste gå att trafikera enligt avtalet, om avtalets alla punkter uppfylls kommer Mergus att fortsätta trafikera avtalstiden ut.
Wikström efterlyser också en prioritering i skärgårdstrafiken med färre men bättre färjor.
– Man kan inte få allt, överallt, hela tiden, det går inte ihop helt enkelt, säger Christian Wikström, och hänvisar till den låga beläggningen ombord under lågsäsong samt att färjan är två miljoner billigare än andra alternativ.
